Le pays est situé sur le plateau Est-africain, pour la plus grande partie entre les 4e parallèle nord et 2e parallèle sud et entre les 29eet 35e méridiens est. Son altitude moyenne est de 1 100 mètres, en descente abrupte vers la plaine soudanaise au nord. Le centre s’articule autour du lac Kyoga, entouré de zone marécageuses.
La quasi-totalité du territoire ougandais se trouve dans le bassin du Nil. Le Nil sort du lac Victoria pour rejoindre le lac Kyoga puis le lac Albert, sur la frontière congolaise. Une petite région située tout à l’est est drainée par le fleuve Turkwel, qui fait partie du bassin drainant du lac Turkana.
Le lac Kyoga fait grossièrement office de frontière linguistique entre les langues bantoues au sud et nilotiques au nord. Cette frontière, orientée du nord-ouest au sud-est, ne reflète que partiellement la division politique entre le nord et le sud.
La superficie de l’Ouganda est de 241 550 km2, soit environ la taille du Royaume-Uni.
Largement équatorial, le climat subit toutefois de larges variations selon l’altitude.
Le sud du pays est plus humide et frais, avec des précipitations réparties sur toute l’année et une température moyenne de 20 °C. À Entebbe, sur la rive nord du lac Victoria, la plus grande partie des précipitations tombe entre mars et juin, puis entre novembre et décembre.
