L’altitude croit selon un pendage faible et régulier depuis l’océan Indien, au sud-est, jusqu’à la chaine des monts Aberdare avant de décroitre en direction de l’ouest et du nord.Le pays est traversé par le grand rift oriental qui sépare la plaque nubienne à l’ouest, de la plaque somalienne à l’est, et coupe, du sud au nord, le tiers occidental du pays du reste du territoire. La largeur du rift varie entre 45 et 100 km.
Si sa profondeur maximale est d’environ 1 510 m au gradin oriental bordant le lac Bogoria, il est difficile de le distinguer du désert avoisinant à hauteur du delta de la rivière Turkwel(lac Turkana).Dans ce rift, qui comporte un linéament occidental suivant — grosso-modo — le 0 .2e parallèle sud, se logent plusieurs lacs, du sud au nord : Magadi, Naivasha, Elementaita, Nakuru, Bogoria, Baringo, Turkana, etc.
Comparativement aux lacs du rift occidental, ceux du rift oriental ont une profondeur maximale relativement faible avec un maximum de 109 m pour le lac Turkana.
Le golfe de Winam constitue la partie ouest du linéament occidental (appelé rift de Kavirondo).Plusieurs volcans éteints bordent ce rift oriental, du sud au nord : mont Olengarua, mont Oloolkisailie, mont Suswa, mont Longonot, mont Kipipiri, lac Baringo, mont Lopokino. Les mont Londiani, Eldalat et Tinderet barrent l’entrée du rift Kavirondo tandis que les monts Homa, Nyamaji et la caldeira de Rangwe bordent le gradin sud de ce dernier.Les monts, et volcans éteints, Kenya et Elgon, désaxés par rapport au rift oriental, sontaussi les deux plus hauts sommets du pays.
